На боці уніатської були: митрополит, п'ять єпископів, визнання польським урядом, а головне - могутня рука папи. На боці православних: два єпископи, багато чорного та білого духовенства і - народ, їх зверхник, Царгородський патріарх, не був у стані боронити їх. Спроби православних звернутися до короля за посередництвом соймиків та сеймів нічого не дали. Уніатська Церква залишалася в очах уряду єдиною правною Українською Церквою. Тяжкий стан Православної Церкви погіршував внутрішній двоподіл: владики, частина шляхти та міщан пішли за унією, але більшість духовенства, шляхти з кн. К. Острозьким, більшість міщан та братств, селяни, а головно та нова сила, що організувалася за Дніпровими порогами - козацтво - залишилися при вірі батьків.

Менші чисельно прихильники унії розгортали колосальну енергію, зміцнюючи свої позиції та приєднуючи нових прихильників. Слабого митрополита Михаїла Рогозу замінив у 1600 році єпископ Володимирський, талановитий Іпатій Потій, що &ув до того Володимирським старостою, людина з великими зв'язками, добрий промовець і дипломат. Роки 1595-1613 - це "Потієва доба", характеризує його роль О. Б. Курилас. Твердого рукою взяв він керівництво митрополією і провадив справу до своєї смерті в 1613 році. "Не з Рогозою, а зо мною маєте діло", - писав Потій у 1600 році до слуцького кліру, який не слухав його. На той час православне духовенство не мало рівного митрополитові Потієві, але. мало князя Костянтина Острозького, який останні роки свого життя присвятив боротьбі з унією та обороні Православної Церкви. Шукаючи підтримки, князь К. Острозький зблизився з кальвіністами.

В 1599 році у Вільні відбулася Генеральна Конференція, на якій він заступав православну шляхту, а князь М. Радзівіл - кальвіністичну. Але співпраця двох конфесій не наладналась, бо духовні кола вороже поставилися до кальвіністів і вимагали благословення патріарха. Благословення патріарх не дав, і Віденська Генеральна Конференція фактично на тому й скінчилася. Найбільше значення в справі оборони Православної Церкви мала релігійна полеміка, участь в якій взяло чимало видатних, талановитих авторів. Ця полеміка велася з завзяттям, твори поширювалося переважно в рукописах, і вони викликали захоплення читачів. Тим часом православні втрачали свої храми, церковні маєтки, які переходили до уніатських владик.

Справу православних та уніатів розглядалося майже щороку на сеймі, в сенаті. Важливим було те, що нарешті король примушений був визнати, що український народ поділився на дві частини, і що уніати не можуть репрезентувати всього народу. Року 1603-1605 польський уряд пішов на поступки: з митрополії уніатського митрополита вилучено Києво-Печерський монастир і дозволено обрати там православного архімандрита - Єлісея Плетенецького; визнано права братств і вилучено їх з-під юрисдикції митрополита-уніата. Безоглядна політика Сигізмунда ІІІ викликала незадоволення протестантів та православних, до яких приєдналося чимало десидентів католиків, і 1606 р. проти короля вибухнуло повстання ("рокопі") з Краківським воєводою Зебжидовським на чолі. Хоч це повстання було придушене польським військом, але в ньому чітко висловили свої вимоги православні, зокрема - деградувати уніатських владик, роздавати церковні добра тільки православним, припинити всі судові процеси проти духовенства. Після смерте Кирила Терлецького король поспішив надати луцьку кафедру уніатові Остафієві Єловичу-Малинському.

На тлі цих подій поглиблювалася денаціоналізація української шляхти: нащадки знатних родів переходили на католицтво або унію. Року 1608 помер князь К. Острозький, і серед української шляхти вже не було нікого, хто міг би заступити його, бо й діти князя перейшли на католицтво. У перший час після Берестейської унії уніати відчули глибоко розчарування: вони сподівалися на допомогу і співпрацю латинського духовенства Польщі, на що нібито вказувало його ставлення до Собору в Бересті, насправді ж зустріли відкриту ворожість. Вже в королівському універсалі 15 грудня 1596 року нема і згадки про право уніатських єпископів засідати в Сенаті, не. зважаючи на те, що в цьому питанні папа звертався до короля.

Релігійна боротьба підкопувала силу народу; полемічна література роз'ятрювала пристрасті. Після Берестейської унії виявився трагізм Української Уніатської Церкви, - пише Вінтер: православні ненавиділи уніатів за зраду, а Римо-Католицька Польська) Церква не вважала їх за повноцінних громадян, бо вирішальним для неї було питання національності.

Поляки прагнули такого об'єднання Церков, щоб православні цілковито відмовилися від своїх догматів, історичної традиції, обрядів. Уніатська Церква стала тільки "терпимою" в Польщі, як терпимою була Православна. Польський історик, єпископ Ліковський, пише, що польське духовенство, замість притягати до себе уніатів, їх тільки принижувало. Але внаслідок цього Українська Католицька Церква не зв'язалася з польським урядом "стала головним заборолом української народності проти полонізації", - писав Д. Дорошенко