До влади прийшов новий уряд, Вибрана рада, вузьке коло наближених до царя людей. Енергійно й рішуче вони навели спокій в оточенні Івана IV і взялися до здійснення важливих державних реформ. Була створена система приказів - органів центрального управління на кшталт сучасних міністерств. Кожний з приказів відповідав за певну галузь: Посольський —за дипломатичну службу, Розрядний - за військові справи, Чолобитний -за контроль над усіма іншими приказами і т. д.

У 1549 р. був скликаний перший Земський собор - станово-представ-нпцький орган на зразок західноєвропейських парламентів, але без участі посланців міст. Він носив дорадчий характер і, не обмежуючи влади царя, слугував надійною опорою його політики. За рішенням Собору 1550 р. побачив світ новий Судебник. Уперше в Московській державі він оголосив єдиним джерелом права закон і встановив однаковий порядок суду по всій території царства. Новий Судебник став також черговим кроком у закріпаченні селянства. Він підтвердив норму попереднього Судебника (1497 р.) про перехід селян за тиждень до Юріївого дня (26 листопада) і тиждень після нього, але збільшив розмір «пожилого».

Суттєві зміни відбулися у військовій справі. Виникло перше російське постійне військо — стрільці, озброєні вогнепальною зброєю - пищалями і холодною - бердишем за спиною, мечем чи шаблею на боці. Гроші, зброю та обмундирування стрільці отримували від царя. Було обмежено місництво — отримання воєнних посад залежно від знатності та заслуг предків. Невдовзі до царського війська влилося донське козацтво.

Посилення самодержавної влади і створення стрілецького війська дозволили Івану IV активізувати зовнішню політику. У 1552 р. ціною великих зусиль він оволодів Казанським ханством, а в 1556 р. відбулося майже безкровне приєднання Астраханського ханства. Внаслідок цих перемог Московське царство знищило вогнища постійної агресії, отримало нові землі, відкрило собі волзький торговий шлях до країн Сходу. Настав час вступати в боротьбу за вихід до морського узбережжя.

У 1558 р. почалася Лівонська війна. Спочатку Іван IV вів її дуже успішно: за півроку його військо вже стояло на березі Балтійського моря. Але успіх виявився нетривалим. Проти Росії виступили Польща, Швеція, Данія і Литва. Та й у Москві впливові члени Вибраної ради вважали війну помилковим кроком. їм здавалося, що вона лише відволікає Росію від розв'язання головного завдання — нанесення удару по Кримському ханству. Це загострило стосунки царя з Вибраною радою, але не припинило війни, яка закінчилася лише в 1583 р. повною поразкою Росії. Іван IV віддав шведам Нарву, Івангород і ще декілька російських міст.

У той момент, коли між царем і Вибраного радою виникло непорозуміння стосовно Лівонської війни, Івану IV вже виповнилося тридцять років. Він набув політичного досвіду та прагнув правити самостійно. Однією з головних рис характеру Івана IV стала нездатність стримувати себе, діяти в розумних межах. На нього все частіше находили приступи люті, коли цар втрачав контроль над собою. Мине чверть століття, і в стані такого нападу Іван IV навіть уб'є власного сина, царевича Івана. Тепер же цар обрушив гоніння на найближчих соратників. Вибрана рада роапалаеь, і московський государ почав правити одноособово. У державі встановилося необмежене самодержавство.
Наступним кроком царя став перехід до політики «крутих заходів». На початку 1564 р. Іван IV, забравши головні церковні святині та державну казну, виїхав із сім'єю з Москви. Він оселився поблизу столиці й заявив, що зрікається престолу. Потім надіслав до Москви два послання. У першому цар звинуватив знать у зраді, казнокрадстві, небажанні захищати батьківщину. Другу грамоту Іван IV адресував простим москвичам, яких запевняв, що на них «гніву та опали ніяких немає». Це був продуманий політичний хід: викликати народні заворушення на свою підтримку. Аби уникнути їх, Боярська дума і вище духовенство вирушили до царя з проханням повернутися на престол. Іван IV погодився, але на нечуваних умовах.

Віднині цар міг розправлятися зі своїми противниками на власний розсуд. З усієї державної території («земщини») Іван IV отримав уділ, який існував окремо («опріч») усіх інших земель. У його межах влада неподільно належала царю: існували окремі прикази, царський двір і військо. Резиденція Івана IV знаходилась у палаці, спеціально побудованому в центрі Москви. Усі прибутки з опричних володінь надходили до опричної казни. Опричники носили чорний одяг, а до сідла приторочували мітлу й собачу голову — символи своїх основних обов'язків: псами гризти царських ворогів і вимітати зраду з країни. Росія поринула у вир жорстоких гонінь і кривавих страт. Нащадки мали всі підстави назвати Івана IV Грозним, хоча, мабуть, правильніше було б іменувати його, як на Заході, Іваном Жахливим.

Розправи розхитали військову систему Росії. Кращих воєвод було страчено, опричне військо успішно виконувало лише карні операції і погано протистояло зовнішнім ворогам. Усе це призвело до військової катастрофи. У 1571 р. кримський хан Девлет-Гірей підійшов до стін Москви і спалив міський посад. Загинули десятки тисяч людей. Через рік хан вторгся знову й лише ціною неймовірних зусиль його вдалося відкинути. Перед лицем невдач Іван IV скасував опричнину і навіть заборонив згадувати саме слово. Опричнина і поразка в Лівонській війні довели країну до страшенного розорення й поставили її на край загибелі.

Цар Іван IV три з половиною десятиліття володів усією повнотою влади в Московській державі. Він ставив перед собою масштабні завдання і нерідко досягав успіху, але потім втрачав плоди своїх перемог. Доля цього государя є зразком правителя, який більше дбав про власну славу і могутність, ніж про благо держави.

Смутний час. Наступником Івана IV на царському троні став його середній син Федір Іванович (1584-1598) - хвороблива людина, нездатна самостійно управляти величезною державою. Фактично влада опинилась у руках Бориса Годунбва, сестра якого, Ірина, була дружиною нового царя. Молодшого сина Івана IV, дворічного Дмитрія, разом з матір'ю поселили в місті Угличі. Там у дев'ятирічному віці хлопчик загинув при нез'ясованих обставинах. Поширився поголос, що його вбили за наказом Годунова. Ще більше розбурхували народ чутки, начебто царевичу вдалося «дивом» врятуватись. На довершення всього, не залишивши спадкоємця, пішов із життя цар Федір.

Російським царем після довгих припрошувань став Борис Годунов (1598-1605). Він не належав до царського роду і не мав права на трон. Тому лише «бажання» народу виправдовувало його вінчання на царство. Правління Годунова складалося нещасливо. На Росію обрушилося декілька неврожайних років, країну наповнили юрби голодуючих і жебраків. У цей напружений момент у Польщі з'явився самозванець — збіглий московський монах Григорій Отреп'єв. Йому вдалося увійти в тісні стосунки з польським королем, магнатами і католицьким духовенством, які пообіцяли молодому авантюристу допомогу в отриманні московського трону. Він же натомість погодився ввести в Росії католицтво і віддати Польщі частину російських земель.

Улітку 1604 р. польське військо Лже-дміїтрін І перетнуло кордон Росії. Повсюди до нього приєднувалися незадоволені правлінням Годунова, тим більше, що Лжедмитрій роздавав усім щедрі обіцянки. Розв'язку подій прискорила раптова смерть Бориса Годунова. У Москві піднялося повстання проти його спадкоємців, і Лжедмитрій тріумфально вступив до столиці. Вона зустрічала його дзвонами. Невдовзі сюди прибула дочка польського воєводи Марина Мнішек, яка стала дружиною Лжедмитрія. Під час весільних урочистостей змовники-бояри підняли повстання. Почалися розправи з поляками, Лжедмитрій загинув.

На престолі опинився боярин Василій Шуйський (1606-1610). Проти нього вибухнуло потужне народне повстання під проводом козака Івана Болотникова. Ледве вдалося покінчити із заколотниками, як з'явився новий, тепер уже вдруге «дивом» врятований, Лжедмитрій II. Хто приховувався за цим іменем, досі невідомо. Навколо Лжедмитрія II зібралося військо й рушило на Москву, але взяти столицю самозванець не зміг.

Зі своїми загонами він став у підмосковному селі Тушино, за що отримав прізвисько «Тушинський злодій».

Від багаторічної Смути потерпали всі верстви російського суспільства: збезлюдніли міста, перервалися торговельні зв'язки, зубожіло селянство. Василій Шуйський не зміг подолати ворога і звернувся по допомогу до Швеції, обіцяючи віддати їй частину російських земель. Успішні дії шведів після звільнення захоплених «тушинцями» територій викликали обурення польського короля. Він перебував у стані війни зі Швецією і тому одразу вторгнувся в Росію. Поляки вщент розбили московське військо. Шуйського було скинуто з престолу, а влада перейшла до Боярської думи. На той момент до неї входило всього сім осіб, через що період її правління отримав назву «Семибоярщина». Проте війна на цьому не закінчилась. Її продовження викликало виникнення народного руху за визволення від загарбників.

XVII ст. «Новий літописець» про рух за створення народного ополчення
В одному місті, названому Нижній Новгород, його мешканці, віддані православній вірі, не бажали бачити її в латинстві й почали міркувати, як би допомогти Московській державі. Один з тих новгородців, який мав м'ясну торгівлю Кузьма Мінін... звернувся до всіх людей: "Мусимо ми допомогти Московській державі, не шкодуючи життя свого; й не лише життя свого, але не шкодуючи також дворів своїх продавати і дружин з дітьми віддавати в заставу й бити чолом тому, хто виступив би за справжню віру християнську і став би в нас керівником». Нижнього-родцям же всім його слово люба було, і замислили вони послати бити чолом... до князя Дмитрія Михайловича Пожарського...

Очолюване посадським старостою Кузьмою Мініним і воєводою Дмитрієм Пожарським народне ополчення звільнило Москву від загарбників. У 1613 р. Земський собор обрав на царство представника нової династії - 16-річного Михаїла Романова. Смутний час закінчився. Московська держава вистояла і довела свою внутрішню міцність.
У 1649 р. Соборне уложення остаточно запровадило в Росії кріпосне право. Селяни були прикріплені до землі, а кріпацький стан став спадковим. Власники селян мали право на їхнє майно і безстроковий розшук та повернення збіглих.