Війна тривала з 1799 до 1801 року і коштувала Україні багато жертв: українські солдати, разом із російськими, гинули в тяжких походах в Альпах.Року 1804-го Французька Республіка перетворилася на Імперію з Наполеоном на чолі. Олександр 1 не визнав Наполеона як імператора.

У війнах з Францією в 1805-1806 рр. Росія виступала в складі коаліції - Австрії та Англії.Року 1806-1807-го відновилася війна Росії в союзі з Англією та Пруссією. Всі ці війни, закінчуючись перемогою Франції, збільшували славу Наполеона і поширювали сферу його впливів на схід. Року 1807-го Наполеон створив із польських земель, що перейшли до Пруссії після розбору Польщі, Варшавське Герцогство.

Під час мирових переговорів Наполеона і Олександра 1 в Тільзіті імператори погодилися на розмежування сфер впливів: Східна Європа мала залишитися Олександрові, а Західна - Наполеонові. Олександр пропонував Наполеонові Сирію, Ліван, Смірну, Салоніки, а собі жадав Босфор і Дарданелли. В Ерфурті Олександр добився від Наполеона згоди на приєднання до Росії Молдавії та Валахії: це ставило Росію твердою ногою на Дунаї.

Тільзітський мир мав для України велике значення. З усіх противників Наполеона непереможеними залишилися тільки Росія та Англія, і проти Англії розпочав він "економічну блокаду": жадна країна не мала права вести з Англією торгівлі і впускати англійські кораблі до своїх портів.

В наступних роках Наполеон підкорив собі майже всю Європу: в 1808-му - Іспанію та Португалію, призначивши іспанським королем брата Йосифа, року 1809-1810-го - Австрію й одружився з цісаревою дочкою Марією-Луїзою. Наполеонова армія не знала поразок. У всіх переможених країнах він ламав старий соціальний устрій, касував кріпацтво і заводив новий устрій, основою якого був "Кодекс Наполеона". Французький імператор готував похід на Індію, щоб підірвати силу Англії.

Зростання могутності Франції непокоїло Олександра 1. До справ державного характеру, як часто бувало у монархів, приєдналися справи персональні. Та й союз Росії з Францією не був популярним у Росії, бо блокада Англії була дуже невигідна для російських поміщиків та купців, які експортували до тієї країни сировину. Інакше було з Україною, для неї питання експорту до Англії не було таким важливим, як для Центральної Росії.

Року 1812 Олександр 1 відмовився підтримувати континентальну блокаду, і тоді Наполеон із 600-тисячною армією пішов на Росію. Шлях французької армії визначений був через Польщу, де мали приєднатися до неї польські війська, через Литву, Білорусь на Смоленськ та Москву. Безпосередньо українських земель він не торкався. Але в Україні почався жвавий рух. Українська інтелігенція поділилася на два табори. У таборі автономістів висловлювали неприховану радість і надії, що з приходом французької армії буде введений Кодекс Наполеона і Україна стане автономною, а може й незалежною.

У південній частині Полтавщини, в Константиноградському повіті, поміщик Мочуловський, а в Переяславському - магнат В. Лукашевич пили за здоров'я Наполеона та його перемогу; також виголошували тости за республіку в Пирятинському повіті;" волинський дідич, Чайковський, організував козацьке "рушення" на допомогу Наполеонові; подільський дідич, Марлецький, створив у своєму маєтку "республіку" і проголосив права людини на основі вчення Жан-Жака Руссо. "

Цікава особа архієпископа Білоруського, Варлаама Шишацького. Українець, він був ректором Переяславського колегіуму, а згодом - ректором Новгород-сіверської духовної семінарії. У Новгород-сіверському належав до того "гуртка автономістів", який об'єднав міську еліту. Року 1787 був ігуменом Віденського Свято-Духівського монастиря і опинився в центрі змагань Польщі та Росії за Православну Церкву на Литві та Білорусі. Року 1791-го брав участь у Пінському Соборі, який проголосив автокефалію Православної Церкви на терені Польщі.

Визнаючи автокефалію, Варлаам Шишацький був проти будь-якої залежності православного духовенства від польського уряду. Це викликало його конфлікт із польським урядом і поворот до Росії. У 1808-му році Варлаама Шишацького призначили архієпископом Могилівським та Вітебським. На цій кафедрі застала його окупація Могилева французами. Він визнав французьку владу, поминав Наполеона під час богослужб і висловлював французам побажання перемоги. Після того, як французи були подолані, архієпископа Варлаама позбавили сану й вислали на довічне ув'язнення до Новгород-сіверського монастиря. Але там він користався пошаною місцевої інтелігенції, його часто відвідували, позичали книжки з його цінної бібліотеки.

Друга, переважна, частина українського шляхетства поставилася до приходу Наполеона цілком негативно. Воно не вірило, що Наполеон визволить Україну з-під російського деспотизму, а французька революція лякала шляхетство загрозою революції і зміною всього соціально-економічного укладу. Більше імпонувала йому американська революція, з ІЇ декларацією незалежності, яка мала глибоке національне коріння, була консервативною і не вносила соціальних змін.

Змінилося ставлення української шляхти до царського уряду, який один міг охоронити громадський лад та спокій, її лякала політика Наполеона в Польщі і скасування ним кріпацтва. Тому значна частина шляхти охоче пішла на допомогу урядові в боротьбі проти Наполеона: давала рекрутів, жертвувала гроші, продукти.

До армії охоче йшли селяни, козаки, сподіваючись поліпшення своєї долі і запевнення їм стану вільних козаків. Перша спроба, зроблена в 1807 році, коли до міліції закликали охочих, була дуже вдала. Року 1812 був укладений проект організації козаків із вільних селян Київської та Подільської губерній, але поміщики заміняли їх кріпаками (брали одного замість двох рекрутів). Дано було по 300 чоловіка з повіту.

Уряд обіцяв по закінченні війни залишити козаків вільними. У 4-ох полках, якими командував граф де-Вітте, було 3.000 козаків. Утрати були дуже великі; у 1813 році Барклай-де-Толлі, повідомляючи про втрату 1.000 козаків, просив про поповнення. Добрали ще по 30 козаків з повіту; ішли старі, хворі, років по 50-60, прагнучи таким способом звільнитися від кріпацтва. Але обіцянок не здійснено: 1816 року всі чотири полки переформовано на регулярні, уланські полки. "

Того ж 1812 року Олександр 1 наказав генерал-губернаторові Малоросійському, князеві Я. Лобанову-Ростовському, сформувати в Лівобережній Україні козацькі полки на таких основах, які були в Правобережній Україні, обіцяючи при тому, що по закінченні війни буде залишений козацький стан, постійне козацьке військо. Проект організації козаків уклав полковник М. Миклашевський, використавши план В. Капніста.

Перспектива поновлення козацтва викликала в народі ентузіазм. Зібрано 15 полків: 6 у Чернігівській губернії та 9 у Полтавській. Замість 4.500 чоловіка, як передбачав наказ, з'явилось 18.000. Крім того, князь Кантакузін привіз 500 бузьких козаків, В. Скаржинський - ескадрон - 180 чоловіка. Все утримання: коні, зброю, обмундирування, харчі - охоче оплатило населення, сподіваючись поновлення козацтва. Однак, під час формування козаків виник конфлікт, бо Я. Лобанов-Ростовський хотів був надати полкам загальноросійський характер. Проти цього виступили аплітові поміщики: колишній міністр юстиції, Д. П. Трощинський, Полтавський губерніальний маршал, В. Капніст, які відстояли український характер полків.

Полки зазнали великих втрат: 1815 року повернулося з 18.000 чоловіка - 12.484. Також загальних втрат на суму коло 2-ох мільйонів карбованців не відшкодовано. Але чекало ще гірше: 1816 року всі привілеї від козаків відібрано, а їх самих привернено до попереднього стану, тобто селянського.

З цього приводу знову почався конфлікт: новий Малоросійський генерал-губернатор, М. Рєпнін, вимагав збереження козацького стану, але міністр внутрішніх справ, В. Кочубей, настояв на ліквідації козацтва. Про обіцянку князя Я. Лобанова-Ростовського не було вже мови