Усунувши Многогрішного, старшина, обираючи Самойловича, поставила ряд умов, які обмежували владу гетьмана. Самойлович прийняв їх і провадив лінію старшинської верстви, надаючи державі аристократичного характеру. Він не скликав Загальної Ради, а обмірковував усі справи з Радою Старшин; створив інститут бунчукових товаришів, до якого входили переважно сини старшин, що перебували в близькому оточенні гетьмана. За його правління, яке тривало 15 років, сформувалася гетьманська держава з монархічним характером.

Іван Самойлович намагався об'єднати всі українські землі і боровся проти тенденцій Запоріжжя вести окрему політику. Вже була мова про те, як він старався підкорити Правобережну Україну Він притягнув під свою булаву правобережних полковників у 1674 році передав йому булаву Ханенко, в 1676 - Дорошенко. Після того Самойлович став іменуватися «гетьманом обох сторін Дніпра».

Щоб поширити кордони України, Самойлович радив цареві заявити Польщі претензії на Західну Україну, Волинь, Підляшшя, Поділля, Підгір'я, Червону Русь, які завжди були частиною України. Він намагався також приєднати до України Слобожанщину, яка була заселена українцями. Обидва домагання не мали успіху. З Москвою Самойлович довгий час жив у згоді. Там виховувалися його сини, свою дочку одружіш він з боярином Ф. Шереметьєвим. Він погодився, щоб київський митрополит прийняв висвяту від московського патріарха." Але й цей мудрий та обережний гетьман загинув від руки Москви.

Розходження Самойловича з царем спричинила московська політика супроти Криму. На початку 1680-их років Австрія, Венеція, Польща, Ватикан та Москва почали укладати антитурецьку, а разом з тим антикримську коаліцію. Запрошено представника і від України, але Самойлович відмовився від участи в «Священній Лізі», побоюючись, що знищення татарського ханства може пошкодити в дальшому ході подій незалежності України, яка буде оточена московськими володіннями. Взагалі Самойлович був проти зближення Москви з Польщею і перестерігав царя відносно Польщі. Всупереч бажанням далекозорого гетьмана, року 1686 підписано «вічний мир» Москви з Польщею. Лівобережна Україна та Київ відійшли під владу Москви.

Року 1687 почалася війна проти мусульманського світу. Австрія, Польща та Венеція мали вдарити на Туреччину, а Москва - на Крим. Перспектива війни з Кримом була дуже непопулярна серед української старшини, в лавах якої було багато колишніх «дорошенківців». Не розкриваючи дійсних причин, Самойлович марно пробував переконати московський уряд, що похід великої армії влітку через спалені сонцем степи буде зв'язаний з великою небезпекою.

Похід почався в квітні 1687 року. Московське військо йшло під командою В. Ґоліцина, фаворита правительки царівни Софії, а українське військо провадив сам гетьман. Не доходячи до Січі, надр. Карачокрак, Ґоліцин несподівано наказав військам повернути назад. Лише 40 тисяч московського та українського війська під командою Неплюева та гетьманича Григорія Самойловича пішла на Запоріжжя. Причини відступу Ґоліцина залишаться неясними. Офіційну версію - брак паші для коней - сучасники спростовували, бо паші було досить. Причини були глибші. Можливо, що, знаючи про нехіть старшини, Гетьманича Григорія і самого гетьмана супроти походу - Голіцин побоявся заганятися далеко в степи. Однак, треба було перекласти на когось відповідальність за невдачу, і для цього використано останній донос старшини на гетьмана.

«Останній» - бо дойосів було багато, але московський уряд «не давав їм руху». Ввесь час правління Самойловича старшини скаржилися на його самовладність, на те, що уникав він скликати Ради, роздавав уряди своїм родичам, брав хабарі. Закидали старшини гетьманові й те, що він був не козак, а «попович». А головною причиною незадоволення було намагання Самойловича перетворити Гетьманщину на спадкову монархію. Спочатку хотів був він передати владу старшому синові, Семенові, а після його смерти - молодшому, Якову (з середнім, Григорієм, батько не жив у злагоді).

В доносі, поданому Ґоліцинові, обвинувачували гетьмана в зраді Москви, у зв'язках з татарами. Донос підписала стара, заслужена старшина, серед неї - Дунін-Борковський, Кочубей, Лизогуб, Забіла, Гамалій та інші.

Військо стояло над р. Коломаком, коли з Москви прийшов наказ про арешт гетьмана та гетьманича. Старого Самойловича з родиною заслано до Тобольська, а його сина Григорія, після тортур, страчено в Севську." Величезні гетьманські скарби поділено на дві частини: половину взято до Москви, а половину передано до військового скарбу.

На першу вістку про заарештуваня Самойловича козаки відповіли розрухами: в Прилуцькому та Гадяцькому полках побили старшину, в інших - пограбували.

25 липня 1687 року скликано Генеральну Військову Раду, в якій взяло участь 2.000 козаків. Вона ухвалила нові статті - Коломацькі, в основу яких покладено Глухівські статті 1672 року. Тоді ж обрано на гетьмана геніального писаря Івана Мазепу