Фактичний бік відносин між Гетьманом і фастівським полковником більш-менш докладно встановлений у працях В. Антоновича, М. Костомарова, В. Вовк-Карачевського, М. Андрусяка, Б. Крупницького, Н. Полонської-Василенко та інших. Щоправда, не всі ще документальні матеріали в цій справі (зокрема, листування Мазепи з московським урядом) повністю опубліковано, а головне серед дослідників немає одностайної думки та оцінки тогочасних подій на Правобережжі та відносин між двома українськими провідниками на обох боках Дніпра.

Якщо народницька історіографія цікавилася переважно соціально-економічними питаннями, вбачаючи причину конфлікту в глибокій суперечності "демократизму" Палія й "аристократизму" Мазепи (в цьому напрямі пішла й радянська історіографія, вульгаризуючи своїм звичаєм "класовий" бік справи, а останнього часу додаючи ще й фантастичну антитезу "полонофіла" й "польського агента" Мазепи - й запеклого ворога Польщі Палія), то новітня українська історіографія шукає відповіді на це питання насамперед у політичних розбіжностях між Мазепою і Палієм, зокрема на терені Правобережжя. Звичайно, чимало деталей і епізодів ще не з’ясовано. І все ж, загальна картина цілком ясна.

Проблема Правобережжя водночас єднала й роз’єднувала гетьмана Лівобережної України й білоцерківського шляхтича Івана Мазепу та борзенського козака й білоцерківського полковника Семена Палія. Кровним зв’язком поколінь, власною довголітньою діяльністю, українською державницькою традицією зв’язаний був з Правобережжям Мазепа. І особисто для нього, і для голови Української держави доля Правобережної України не була чужа.

Що більше, приєднання Правобережжя до Гетьманщини й відновлення української державної влади на Правобережній Україні було, від початку аж до кінця гетьманування, однією з найголовніших цілей політики гетьмана Мазепи. Й чим ближче стояв він до здійснення цієї мети, тим більш авторитарною ставала його поведінка, тим менш готовий він був іти на компроміси, тим рішучіше й безоглядніше боровся проти всяких перешкод на своєму історичному шляху.

Палій не мав такого глибокого коріння на Правобережжі, як Мазепа. Але майже вся його діяльність як вояка й колонізатора пройшла на цій старій козацькій землі, зрошеній його кров’ю й управленій його працею. Вона стала його землею, і він, тільки він, як "справжній козак і вождь козацького народу", мав порядкувати тут. Він міг пактувати з польським урядом або з польськими магнатами, хоч знав, що тривалої згоди з ними не буде. Він щиро прагнув об’єднання не лише своєї Фастівщини, а й цілого Правобережжя зі своєю рідною Гетьманщиною, хоч і не всі тамтешні порядки були йому до вподоби, й він нерідко критикував свого "найвищого вожа" (як він називав Мазепу) й "гетьмана обох боків Дніпра" (1700). Але господарем Білоцерківщини мусів залишатися він.

А втім, справа була не лише в самих особах Мазепи й Палія та в їхньому індивідуальному підході до проблеми Правобережжя. Ясна річ, годі заперечувати, що Гетьман і полковник були речниками двох відмінних соціально-політичних концепцій, і що той суспільний лад, який заводив Палій на підвладній йому території, не був цілком тотожний з укладом Гетьманщини. Проте не треба думати, що Палій був промотором якогось абстрактного запорозького ідеалу - "без хлопа і без пана", і соціально-економічний устрій Паліївщини не так-то вже й різнився від Гетьманщини. Відміна була не так у самій суспільній системі двох частин тогочасної України, як у ставленні до цього з боку Мазепи й Палія.

Мазепа був репрезентантом старої правобережної старшини доби Хмельницького і Дорошенка, яку трагічні події Руїни зігнали з вітчизн та дідизн і загнали - іноді "с семью только своей фамиліи персонами... верховыми лошадьми" (Ф. Кандиба) - на лівий берег Дніпра. Всі ці Лизогуби, Гамалії, Кандиби, Мокієвські, Бутовичі й багато інших старшинських фамілій залишили за собою на Правобережжі, зокрема на Паліївщині, не тільки свої предківські і власною працею набуті маєтки, яких вони ніколи не зрікалися, але й десятиліття своєї попередньої військової і державної діяльності якої вони ніяк не могли забути. Чимало з них хотіли повернутися назад і мали на це повне право.

Хіба міг гетьман Мазепа зігнорувати це - їхні права, їхні прагнення, врешті, їхні сентименти? Ці люди були керівними діячами Гетьманщини, до якої хотів прилучити Правобережжя Палій, зберігаючи не тільки встановлений ним там лад, але й свою старшину, здебільшого його родичів, цих homines novi, що їх створили і він сам, і вони самі, і трагічна, але славна історія Паліївщини. Чи було місце там для старих господарів, коли ціле життя було в руках нових? Мабуть, це було ясне і для Мазепи, і для Палія. Двом великим діячам тогочасної України не було місця на Правобережжі. І коли Мазепа ступив твердою ногою на свою предковічну землю, Палій мусів уступитися.

Та інтереси Мазепи й Палія колідували не тільки на Правобережжі. Їх розділяло ще Запоріжжя, що його підпорядкування гетьманському реґіментові, а принаймні консолідації гетьманської й запорозької політики завжди прагнув Мазепа. Палій користувався на Січі великою популярністю, мало того, був своєю людиною для запорожців. І його бойові подвиги, колись близько зв’язані з Запоріжжям, і його діяльність на Правобережжі, а зокрема боротьба проти польської шляхти, - все це в очах січовиків було повною протилежністю Мазепі. Не маючи й не бажаючи мати власних авторитетів, Запоріжжя охоче користувалося авторитетом "батька Палія" й залюбки протиставляло його "вітчимові" Мазепі. Мабуть, саме на Запоріжжі й виникла думка про гетьманство Палія.

Майже на всі політичні шляхи Мазепи лягала тінь Палія. З’єднати Гетьмана з фастівським полковником - на довгу мету - було неможливо: раніш чи пізніш був неминучий конфлікт і розрив між ними. Й коли в 1703 р. тінь Палія, пов’язаного зі шведофільськими колами Речі Посполитої, почала насуватися на останній і вирішальний - шведський шлях Мазепиної політики, розрив стався навіть раніше, ніж повністю назрів конфлікт. "Залізна логіка обставин" була, справді, сильніша за "персонально-психологічні мотиви" (Крупницький) діячів та їхньої людської й громадської поведінки.

Перший крок у цьому напрямкові зробив, мабуть, Мазепа. Незважаючи на свої приятельські відносини з Палієм, Гетьман завжди ставився до нього з певним упередженням і не раз перестерігав Москву щодо Палія. Так було, зокрема, в 1693 р., і "чорна кішка", яка, на думку Костомарова, пробігла між Мазепою й Палієм у 1694 р., була, звичайно, не перша. Ще більші застереження проти Палія помітні в Гетьмана з осені 1695 р., коли покращали взаємини між фастівським полковником і поляками. Крупницький вважає, що 1699 р. був критичним роком (Krisenjahr) у відносинах Мазепи й Палія.

Але справді критичним моментом було повстання 1702-1703 рр. і позиція Палія, як лідера того повстання, зокрема щодо Польщі. У звідомленнях Гетьмана до Москви 1703-1704 рр. рясно політичних і персональних закидів та обвинувачень на адресу Палія. Особливо турбували Мазепу зв’язки Палія зі шведофільською партією в Польщі і можливість погодження Палія з польським урядом.

"Якщо Палій самовільно зійдеться з ляхами, добра від того не буде: через людей нашого походження вони на цей бік (Лівобережжя) вогонь вскинуть", - писав Гетьман на початку 1704 р.

Завдяки своїм зв’язкам зі шведофільськими магнатами Польщі, Палій одбивався від рук Мазепи, виходив на шляхи, незалежні від лівобережного гетьмана. Ці шляхи вели до Польщі і Швеції, але за певних обставин могли повести Палія - поза плечима Гетьмана - в іншому напрямкові - до Москви.

Але назовні стосунки між Гетьманом і Палієм були нібито нормальні. У половині червня 1704 р. Палій приїхав до гетьманського табору коло Паволочі й супроводжував Гетьмана в дальшому поході на захід. Час минав у пересправах, бесідах та бенкетах, але ні згоди, ні довір’я вже не було. Палій не крився зі своєю критикою щодо порядків на Гетьманщині й особисто щодо Гетьмана. В Мазепи чимраз більше накопичувалося різних - і справжніх, і, мабуть, вигаданих - доказів нелояльності старого співробітника. Гетьман хотів спекатися Палія, посилаючи його до Москви й складаючи тим самим відповідальність за його долю на московський уряд. Але Палій відмовився, підозріваючи небезпеку.

Тоді наприкінці липня, під Бердичевом, Гетьман наказав заарештувати Палія, а згодом відіслав до Батурина, де Палій був ув’язнений. Перебуваючи в Москві на початку 1705 р., Гетьман радив цареві забрати Палія з України, де "многіе его жалЂют и переговоруют", до Росії й тримати його де-небудь далі від Москви. У березні 1705 р. Палій і Семашко були привезені до Москви, а 30 травня цар наказав заслати Палія до Єлисейська. Та незабаром (30 липня) це було замінено засланням до Томська, а фактично - до Тобольська, де Палій перебував до кінця 1708 р., коли Петро І наказав повернути його на Україну, щоб використати ім’я й авторитет козацького героя для боротьби проти Мазепи.

Наприкінці березня 1709 р. Палія перевезено було до Воронежа, де тоді був Петро І. Палію було дозволено відвідати доньку в Києві. Палій брав участь у Полтавській битві як охоче-комонний полковник у війську гетьмана Івана Скоропадського і переслідував шведів до Переволочни. У вересні 1709 р. йому повернуто було уряд білоцерківського полковника. Але політична роль Палія була давно вже скінчена. Він номер у січні 1710 р. і навіть точна дата його смерті не збереглася в історії.

1 серпня 1704 р., після арешту Палія, в універсалі до жителів Фастова Мазепа писав, що "оддаливши... для певних причин пана Семена Палія од уряду полковництва", він, Гетьман, призначає на його місце Михайла Омельченка.

Помічники Палія або були заарештовані разом з ним (Семашко), або визнали переворот (К. Часник, небіж Палія, і А. Танський, зять Паліїв). Козаки, що були в Білій Церкві, не хотіли підкоритися гетьманському наказові: "поки не уздрим нашого батька (Палія), поты не поддамось гетманству", - казали вони. Але сили були нерівні, і незабаром Правобережна Україна опинилася під безпосередньою владою гетьмана Мазепи